Además en esta junta se nombra un nuevo consejo de administración, con Manuel Llorente como presidente de la entidad y con José García Roig como consejero encargado de la ampliación de capital. Fundación Valencia CF gracias al préstamo de Bancaja, avalado por la Generalidad Valenciana, y el presidente de la entidad siguió siendo Manuel Llorente, que al mismo tiempo era uno de los patronos de la Fundación Valencia CF, contratado para un plazo de 5 años con el beneplácito de la entidad bancaria y de las instituciones, camisetas del chelsea y con un salario anual de 360.000 euros. La designación de Manuel Llorente no fue exenta de cierta controversia al no conocerse en aquel momento quién exactamente lo designaba presidente sin ser miembro del consejo de administración desde su destitución en 2006 por decisión de Juan Soler. El 10 de noviembre de 2006 es presentado el proyecto del nuevo estadio de Mestalla que se construirá en la Av. El 4 de junio de 2009, tras su incapacidad para encontrar una viabilidad económica para el club y no poder vender las parcelas del suelo del estadio de Mestalla, futbol store el presidente Vicente Soriano presenta su dimisión irrevocable. Pese a los malos resultados en Liga con el equipo cada vez más cerca de los puestos de descenso, el Valencia va superando eliminatorias en la Copa del Rey ante el Real Unión de Irún, el Real Betis, el Atlético de Madrid y el FC Barcelona en semifinales, consiguiendo así disputar la final de la Copa del Rey el 16 de abril de 2008 en el estadio Vicente Calderón contra el Getafe CF.
En octubre, tras la jornada 9, Juan Bautista Soler destituye a Quique Sánchez Flores por una mala racha de juego y algunos resultados negativos en Liga y Liga de Campeones. Los blanquiazules obtuvieron una racha de doce victorias consecutivas y llegaron al derbi con el CDKA, segundo en la tabla, como favoritos. Cinco días después de la conquista de la Copa del Rey, el 21 de abril de 2008, el Valencia y Ronald Koeman rescinden su contrato tras la abultada derrota en San Mamés por 5-1 ante el Athletic Club y la peligrosa racha de cuatro derrotas consecutivas estando el 15.º clasificado. Pero los planes urbanísticos de Soler no quedaban aquí, ya que en septiembre de 2005 pactó con Francisco Tarazona (alcalde de Ribarroja del Turia) y con Rafael Blasco (Consejero de Ordenación del Territorio de la Generalidad Valenciana) la construcción de una nueva y moderna Ciudad Deportiva para el Valencia CF en la partida rural de Porxinos, situada en la localidad de Ribarroja del Turia. Una de las primeras decisiones del entrenador fue apartar del equipo a tres futbolistas: David Albelda, Santiago Cañizares y Miguel Ángel Angulo. Con el club ya en manos del máximo accionista y presidente, Juan Soler, se incorporan al equipo, gracias al trabajo del director deportivo Javier Subirats, futbolistas como David Villa, Patrick Kluivert, Miguel Brito o Edu.
El 12 de marzo de 2008 Agustín Morera asumió la presidencia del club tras la renuncia de Juan Bautista Soler, quien seguiría como máximo accionista de la sociedad. La pretemporada del verano 2008 fue muy movida con la entrada de Juan Villalonga como gestor externo y la llegada de Xabier Azkargorta como director deportivo. El 1 de agosto de 2007 se inician las obras del nuevo estadio, y ese verano el club confirma el cese de Amedeo Carboni como director deportivo tras varias discrepancias con el entrenador Quique Sánchez Flores. En la temporada 2006/07, Juan Soler hace alarde del gran estado económico de sus negocios en la construcción y lleva a cabo fichajes millonarios como el de Joaquín Sánchez, futbolista del Real Betis deseado por los grandes equipos españoles y europeos, que se convirtió en ese momento en el fichaje más caro de la historia del Valencia al costar 25 millones de euros. Tras su destitución, Villalonga ofreció a Soler 76,7 millones de euros por sus acciones, oferta que no aceptó. El 7 de junio se celebra la Junta General de Accionistas en la que se aprueba una ampliación de capital de 92 millones de euros. Incorpora también a futbolistas como Fernando Morientes y Asier del Horno, con una ficha astronómica.
El Valencia logra la su 7.ª Copa al ganar por 3-1 con goles de Juan Mata, Alexis Ruano y Fernando Morientes. A través de la empresa Litoral del Este, creada especialmente para esta operación y participada 100% por el Valencia CF, el club invirtió 60 millones de euros en comprar campos de naranjos de la zona con la empresa inmobiliaria madrileña Nozar, y 20 millones en el Ayuntamiento de Ribarroja del Turia para la ejecución del PAI. Pese a los continuos rumores de que de aquí a quince días Inversiones Dalport acudiría a la ampliación para depositar los 46 millones de euros necesarios para mantener su supuesto poder accionarial, nunca se concreta la operación y la ampliación sigue adelante sin esta supuesta empresa. Para paliar la grave crisis del club se anuncia que se seguirá un plan de viabilidad y la deuda se cifra en 547 millones de euros. El propio Soler calificó la operación como un «pelotazo» urbanístico favorable para el Valencia, pero la oposición al alcalde de Ribarroja del Turia y la plataforma vecinal ecologista «Salvem Porxinos» (Salvemos Porchinos) rechazaron la viabilidad y legalidad del plan y lo llevaron ante el Tribunal Superior de Justicia.