De este modo, en la temporada 2005-2006 celebró su centenario bajo la dirección de su dueño Eloy Guerrero, camiseta liverpool morada y de la mano deportiva de Antonio ‘Nene’ Montero. Badajoz con el empresario y presidente de AD Cerro de Reyes, Antonio Olivera Méndez «Cachola». A principios de la temporada 2008-09, Eloy Guerrero llega a un acuerdo con un grupo de personas relacionadas con el deporte para que se hagan cargo de la gestión del club durante 3 temporadas, con Antonio Guevara como presidente de la Gestora. En esta nueva temporada se produce un cambio accionarial, Eloy Guerrero que formó una directiva propia ese verano con personas procedentes de anteriores directivas, vende sus acciones en el mes de noviembre a un grupo de gestión de empresarios relacionados con el fútbol encabezados por el empresario Carlos Uriarte, quien ya fuera presidente en las temporadas de 1979 a 1982. Además, como personas importantes en el club, entran inicialmente Jaume Llauradó, José Luis Burgueña y el ex ciclista profesional Mauro Gianetti, encargado del área de marketing del club.
La Plataforma de aficionados Club Deportivo Badajoz Historia Viva, peleó todo lo posible por mantener vivo el club, se organizaron manifestaciones a las puertas del Ayuntamiento, pero de nada sirvió ya, la propiedad en manos de Carlos Uriarte e Íñigo Landa decidió no seguir adelante y tomó la decisión de no inscribir al equipo en 2.ª B, ni pagar lo que adeudaba a los jugadores y empleados, ya que la orden de liquidación pesaba demasiado para salir a competir y por miedo a que se liquidara el club a mitad de temporada, finalmente el Club Deportivo Badajoz SAD dejaba de existir, y con él, la ciudad de Badajoz perdía a su equipo de fútbol más querido y representativo. Durante la temporada 2010/2011, tras un año difícil, el equipo consiguió mantenerse en la categoría de Segunda División «B» en la última jornada de liga, al ganar al Universidad Las Palmas por 1-0 con gol, en el minuto 73, de Juan Carlos Ortiz.
Tras algunas dudas iniciales acerca de la continuidad del proyecto, finalmente el equipo sale a competir una temporada más. La temporada 2006-07 el club mantiene durante toda la temporada a Vicente Colin como entrenador, realizando una exitosa campaña teniendo en cuenta los complicados comienzos y un equipo formado por jugadores locales sin remuneración económica. El título de máximo goleador de Escocia es compartido por dos jugadores. Durante la temporada 2011/2012 el club logró salvarse del descenso a 3.ª División a falta de 2 jornadas, fue una temporada marcada por problemas institucionales, deportivos y económicos que dieron lugar a diversos motines de jugadores en el vestuario y el entrenador por retrasos en los pagos de sus nóminas, el entrenador Víctor Torres Mestre fue el primero en abandonar el barco tras una rueda de prensa bochornosa a mitad de temporada, le sustituyó su segundo, Moisés Arteaga que en ningún momento estuvo a la altura del club y encadenó una racha de derrotas históricas, abocando al club a la lucha por la permanencia, finalmente fue cesado a 5 jornadas del final, y fue sustituido por Alberto Monteagudo que logró al llegar enderezar el rumbo del equipo, consiguiendo cuatro victorias en los últimos cinco partidos, logrando la permanencia a falta de dos jornadas del final y firmar un fin de temporada tranquilo.
Será en la siguiente temporada 91/92 cuando consiga ascender a Segunda División A, al ser segundo en su grupo, dirigidos por Rogelio Palomo en su sexta campaña consecutiva al frente del equipo, y superar en la Promoción a: Cartagena FC (equipo al que derrotó en la última jornada por 5-1 culminándose así el ascenso), camiseta torres liverpool Deportivo Alavés y Real Sporting de Gijón “B”. Campeón indiscutible del Grupo 14 de la Tercera División, disputó la Promoción de ascenso a Segunda B enfrentándose al Atlético Mancha Real, campeón del Grupo 9 de Tercera División, en eliminatoria a ida y vuelta. En la temporada 58/59 sufrió su primer susto al quedar decimocuarto y tener que disputar una Promoción de Permanencia con un club de Tercera División. Badajoz inicia la segunda época de esplendor en su historia que se ve respaldada con once campañas consecutivas en la división de plata. La plataforma Historia Viva, algunos exmiembros de Ambición Blanquinegra, peñas y aficionados fieles deciden empezar de cero y crear este nuevo club, con la cantera del C.D Badajoz como base y así perpetuar un sentimiento y firmar un punto y seguido a los 107 años de historia del CD Badajoz. Tras varios trámites institucionales y administrativos nace el 26 de julio de 2012 el Club Deportivo Badajoz 1905; dicha fecha (1905) hace honor y referencia al nacimiento del extinto C.D Badajoz.
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