↑ El club se registra oficialmente el 5 de abril de 1901 bajo el nombre de camisetas fútbol baratas Athletic Club. En el borde de la mitad inferior, la circunferencia muestra tres barras con los colores de la bandera de Colombia, una de color amarillo, otra azul y otra roja que conserva las proporciones de los colores de la bandera: el color amarillo se encuentra relleno en el 50%, el color azul en un 25% y el rojo dispone del otro 25%. Entretanto, la leyenda del nombre oficial de la asociación está inscrita en el borde de la mitad superior del círculo formando un arco a color negro con fuente tipográfica Impact, así: ‘Federación Colombiana de Fútbol’. La dirección de la nueva plantilla correspondió a dos antiguos jugadores, Argentino Peña y el histórico Martín Marculeta, que colgó las botas durante la guerra como jugador-entrenador del Donostia FC. Además, volvió a disputar una final de la Copa del Rey tras veinticuatro años sin lograrlo, para ello eliminó a cuatro equipos de Primera División: Recreativo de Huelva, C. A. Osasuna, Real Sporting de Gijón y Sevilla F. C. En la final cayó derrotado por 1-4 frente al F. C. Barcelona, que más tarde logró el triplete al ganar la liga, la copa y la Liga de Campeones.
Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que ya había participado en tres ocasiones). Fue inaugurada en el año 2005 en sustitución de la antigua ciudad deportiva del paseo de la Castellana, tras una recalificación de los terrenos en propiedad del club en una operación junto con el Ayuntamiento de Madrid. En 1994 José María Arrate sustituyó a Lertxundi como presidente, trayendo consigo al delantero Jon Andoni Goikoetxea del F. C. Barcelona, al centrocampista Bittor Alkiza de la Real Sociedad y, como entrenador, a Javier Irureta en sustitución de Jupp Heynckes, quien había decidido antes de las elecciones no continuar en el club. Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la campaña 1997-98 que era especial para el club ya que celebraba su centenario. El estadio de Danubio, llamado Estadio Jardines del Hipódromo María Mincheff de Lazaroff fue inaugurado en 1957, y está ubicado en un barrio de la ciudad de Montevideo, del que toma su nombre: barrio Jardines del Hipódromo, un barrio al noreste de la ciudad donde antes había una plaza central a ese barrio-jardín.
Esa temporada el Athletic cayó en octavos de final de la Copa de la UEFA a manos del Parma, tras haber eliminado a un rival complicado como el Newcastle. En los dos años que el técnico alemán dirigió al equipo este mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento y alcanzó las semifinales de la Copa del Rey tras quince años sin lograrlo, donde fue eliminado por el Real Madrid. Tras los últimos fiascos, la afición no esperaba nada nuevo para la temporada 2005-2006. Juan Ignacio Martínez era el entrenador y Francisco Gómez Hernández puso a su disposición a una gran plantilla a la que debía conjuntar avalada por el secretario técnico Miguel Torrecilla. En marzo, el técnico serbio fue cesado y Amorrortu volvió a hacerse cargo del equipo, que cosechó la peor clasificación de su historia en liga hasta ese momento al acabar en decimoquinta posición. Como fichaje estrella, el club se gastó 2000 millones de pesetas (12 millones de euros) en la contratación del defensa Roberto Ríos, procedente del Real Betis, quien se convirtió en el fichaje más caro de la historia del Athletic hasta ese momento.
Por contra, el Athletic traspasó al defensa Rafa Alkorta al Real Madrid a cambio de 350 millones de pesetas, para paliar así el déficit económico del club. Ese mismo verano el Athletic fichó al prometedor centrocampista Ander Herrera, proveniente del Real Zaragoza, a quien llevaba años intentando captar. En el año 2008 (aunque en ocasiones anteriores ya había sucedido, pero de una manera más moderada) el muro que da a la parte del paseo de La Arboleda, se derribó debido a las fuertes rachas de viento. Lima González, José Luis (2008). Una hazaña blanquinegra. Estadio José Zorrilla (1952-1988) y desde entonces partidos importantes. A continuación se muestran en una tabla a los 12 jugadores que lo han hecho ordenados por el número de partidos disputados con la camiseta blanquiazul. Athletic, donde jugó 419 partidos y marcó 129 goles. Sin embargo, al inicio de la nueva pretemporada el Athletic le despidió debido a una mala relación con el presidente, Fernando Lamikiz. Antes de eso, el presidente Fernando Lamikiz había dimitido tras la fuerte pitada que recibió al término de un partido de liga. El Athletic eliminó al Dinamo Tbilisi en la ronda previa de la Liga de Campeones, sin embargo, no pudo superar la fase de grupos y acabó en cuarta posición por detrás de Juventus, camiseta de fútbol Galatasaray y Rosenborg.