El día 8 de mayo de 1971 el Melgar, necesitaba de solo un empate o un triunfo para adjudicarse la Copa Perú, camiseta valencia negra y convertirse en el primer equipo Arequipeño en ganarla. Minutos después vendían las expulsiones de Castro y Arismendi para Melgar, casi ahogando toda ilusión. Por todo ello y vistos los precedentes que afectaban a las relaciones entre clubes guipuzcoanos y vizcaínos, la Federación Española decidió dividir la Federación Norte en dos federaciones separadas, camiseta del valencia 24/25 la Guipuzcoana y Vizcaína declarando campeón de las mismas a Real Unión y Athletic Club respectivamente. En la temporada 2022-23 ascendió a Tercera Federación al grupo IV. Así, Ramón Lafuente, que continúa al frente del equipo, tiene como única incorporación de relevancia al extremo Viso, fichado del Valladolid, además de la veteranía que pudiera aportar a la delantera Chacho, que volvía desde el inicio de temporada. Tras permanecer varios años en la segunda división de la ciudad desde que descendiera un 4 de agosto de 1957 en un partido frente al Independiente de Miraflores, el FBC Melgar ascendería a la primera división luego de campeonar en el torneo del año de 1961 (jugado desde noviembre a aquel año hasta julio de 1962) al finalizar primeros con 22 puntos de manera invicta al ganar 9 partidos y empatar otros 4, quedando por encima de otros clásicos equipos como Deportivo Mistiano y Victoria del Huayco.
El equipo del FBC Melgar debutó en ese campeonato Descentralizado en la Ciudad de Lima frente al Defensor Lima, el recordado equipo de los «carasucias de Breña». En 1945, el equipo rojinegro obtendría el campeonato de Segunda División de manera holgada accediendo a la Primera División de manera directa. El equipo en total, sumó 10 triunfos, 5 empates y solamente 3 derrotas. En el 2010 se vendió a Ysrael Zúñiga al Juan Aurich, Hilden Salas emigró al Cienciano y se contrató a Antonio Meza Cuadra proveniente de la Universidad César Vallejo, el equipo nunca encontró la regularidad y lamentablemente cedió muchos empates de local. En el partido contra Alianza Lima en 1981, encuentro clave para obtener el título, el equipo rojinegro ganó con un gol de Genaro Neyra y un autogol. El partido se desarrolló en el Estadio Nacional de Lima ante 33,948 espectadores, que esperaban un triunfo de los rimenses, pero el encuentro finalizó en empate 1-1. Con esto, el título fue arequipeño, convirtiéndose así en el primer equipo del sur del Perú en ser campeón de la Primera División del Perú, y fue además su primera clasificación a la Copa Libertadores de América.
Fue en ese escenario donde se jugó el partido, el primero del Melgar en el Estadio del barrio de IV Centenario, y culminó con triunfo por la mínima de los rojinegros quienes se cobraron la revancha ante el equipo de San Lázaro y retornaron a la máxima categoría. En semifinales Perú se enfrentó al local Chile perdiendo 2-1. En el partido por el tercer puesto se enfrentó ante Paraguay ganando 2-0 con goles de André Carrillo en el minuto 48 y de Paolo Guerrero en el minuto 88, camiseta futbol convirtiendo a este último nuevamente el goleador de una edición de la Copa América con 4 tantos junto con el chileno Eduardo Vargas. En el minuto 50, Dejan Govedarica puso el 2-1 pero, un minuto después, Pedro Munitis empató de nuevo el partido. Delanteros: Óscar Márquez, Eduardo Márquez, Pedro Barra, Carlos Márquez, Juan Chávez, Ernesto Loayza, Walter Zúñiga, Jaime Alvarado y Alberto LLamozas. Para esta participación el equipo rojinegro contó como entrenador al ya fallecido Gilberto Dos Santos y su plantilla la formaban los siguientes jugadores: Rolando Farfán Gonzales (arquero), Carlos Bermejo Cárdenas, Armando Palacios Escalante (capitán), Elard Delgado Tapia y Alfredo Salinas Urday (defensas); Eduardo Ávila Gárate, y Manuel «Donal» Ponce (mediocampistas) Raúl Ruiz, Eduardo «patato» Márquez Obando, Pedro Huamán y Hugo «Gusano» Paredes (delanteros).
Para aquel campeonato de primera división de 1962, los rojinegros mantuvieron la base de jugadores con el que ascendieron e incorporaron a otros que hicieron del equipo más competitivo, de entre esas nuevas adquisiciones destacaría Eduardo «Patato» Márquez, quien a partir de ese momento empezaría a escribir sus páginas de glorias con el conjunto dominó. También alternaron durante el campeonato los jugadores: Martínez (Arquero), Raúl Rossel Ochoa, Jaime Soto Castro, Raúl Cuadros Rodríguez, José Cuadros Rodríguez, Oscar Márquez Obando, Julio Cossio, Jaime Pizelli y los jugadores brasileños Puglia y Oliveira. El entrenador Ladislao Kubala hizo las funciones de seleccionador durante los partidos amistosos de preparación. Al final de ese campeonato, el equipo ocupó la octava posición de un total de 14 equipos, y debido a las bases del campeonato tuvo que descender. En 1966, durante la presidencia Luis Isenrich Lomellini el quien la historia del domino lo aplaude como el que dio los éxitos en la década de los 60, el FBC Melgar fue invitado por la Asociación de Fútbol Peruano para intervenir en el primer Campeonato de Fútbol Descentralizado. Sería en 1962 y bajo la presidencia de Luis Isenrich Lomellini cuando el nombre de FBC Melgar volvía a resonar en el ambiente futbolístico de la ciudad, pues el equipo recientemente ascendido daría la sorpresa en la primera división al quedarse con el trofeo de campeón de aquel torneo.