Dos años más tarde, se unió a la Armada de los Estados Unidos para los tres siguientes años, donde dirigió al equipo de baloncesto de la Armada en Norfolk. Además en el arranque del Apertura 1998 -en donde Mauricio Pellegrino disputó apenas dos encuentros dado que fue vendido al Baecelona de España-, estuvo hasta la octava fecha sin conocer la derrota, y como no había sido vencido desde la misma jornada del Clausura de ese año, se consumó la mayor serie invicta de Vélez Sarsfield a nivel local con 19 partidos, luego el equipo tuvo un pronunciado bajón futbolístico y finalizó en la undécima posición. Ocupó por 7 fechas la primera posición del torneo. Clausura 1998, Vélez Sarsfield se consagró campeón, por quinta vez en su historia, de manera holgada, con un fútbol directo y audaz, siendo puntero del torneo desde la primera fecha (y de manera exclusiva desde la tercera jornada) y haciendo el récord de puntos del club en torneos cortos, incluso el mayor registro del fútbol Argentino, aunque luego fuera superado, quedando como el segundo en dicho rubro. La Final Four marca el final de la temporada de baloncesto universitario, y el juego de campeonato se lleva a cabo el primer o segundo lunes de abril.
Recopa Sudamericana disputada el 13 de abril en Kōbe, Japón, luego de superar a River Plate por penales 4:2, previamente había igualado 1:1 -José Luis Chilavert de penal- en tiempo reglamentario, logrando su quinto torneo internacional. Por su parte, en el Clausura 1996, tras comenzar de manera irregular, empezó una levantada que incluyó 14 partidos invicto, con algunos memorables, como la victoria 3:2 a River Plate en el último minuto de descuento -en donde previamente José Luis Chilavert convirtió un gol de tiro libre de 60 metros-, las sendas goleadas 5:1 a Boca Juniors y a Lanús -que peleaba el torneo- o el empate en La Plata contra Gimnasia -en un cotejo clave, cuando faltaban 9 minutos para terminar-. 1949: Desciende por primera vez en su historia a la segunda división del fútbol local, tras una polémica definición frente al Club Atlético Huracán. El plantel estuvo integrado por la base jugadores que participaron en la época dorada, a los que se sumaron, entre otros juveniles, Fabián Cubero y los debutantes Lucas Castromán -quien fue titular más de la mitad del certamen- y Rolando Zárate -el segundo de la dinastía de hermanos-. El 29 de noviembre de 1981, Esteban Beracochea y sus dirigidos arribaron a su cita particular con el destino para obtener el Segundo Campeonato ante Portuguesa F.C.
El 18 de agosto en el Estadio José Amalfitani ante 50 000 espectadores, igualó 0:0 con Independiente -en donde Chilavert atajó un penal clave promediando el segundo tiempo- y obtuvo el cuarto título local, consagrándose campeón por segunda vez consecutiva y aventajando por un punto, al conjunto tripero que terminó segundo. En la primera de dichas competiciones, fue derrotado en Tokio por Independiente 1:0, con un arbitraje polémico de Francisco Lamolina quién no cobró un claro penal a los dirigidos por Carlos Bianchi. Además, este certamen tuvo un suceso especial, en la fecha 15, Carlos Bianchi -que ya se había transformado en el técnico más importante de la historia del club- fue contratado por la Roma de Italia y dejó la conducción del equipo en manos de Osvaldo Piazza, camiseta ricky rubio quien dirigió las cuatro últimas jornadas. Tras lograr el título del Clausura 1996, habiendo dirigido las últimas 4 fechas, fue confirmado como técnico Osvaldo Piazza, para el período 1996/97, en la cual el club se puso como prioridad obtener la Supercopa Sudamericana, y el equipo no defraudó, practicando un fútbol de alto vuelo, el más vistoso de todo el ciclo, y de manera invicta, el 4 de diciembre de 1996, se consagró campeón del trofeo continental venciendo 2:0 a Cruzeiro en un estadio Amalfitani colmado con 50 000 almas En la ida disputada en Bello horizonte, también había ganado, esa ocasión por 1:0. Para llegar a la final superó a Gremio de Porto Alegre (3:3 y 1:0), Olimpia de Paraguay (3:0 y 1:0) y Santos (2:1 y 1:1). Por su parte, Patricio Camps se consagró goleador del certamen con 4 tantos.
En el ámbito local, en esa temporada, ocupó el puesto décimo tercero en el Apertura 1996, aunque hay que aclarar que fue jugado con un equipo alternativo dado que lo disputó paralelamente a la Supercopa, fue por ello que debutaron varios juveniles, entre ellos el polifuncional Fabián Cubero, quien con los años se convertiría en el futbolista con mayor cantidad de presencias y de temporadas en la primera del club, y como aún se encuentra en actividad, representando a «El Fortín», su récord se sigue incrementando. Resto del Plantel: Cristian Bardaro, Juan Batalla, Martín Bernacchia, Rodrigo Bilbao, Pablo Cavallero, Fabián Cubero, Ariel De Lafuente, Federico Domínguez, Ariel Ercoli, Juan Carlos Falcón, Marcelo Gómez, Roy González, Guillermo Morigi, Fernando Pandolfi, Omar Ríos, Rolando Zárate. Resto del Plantel: Omar Asad, Héctor Banegas, Carlos Compagnucci, Pablo Cavallero, Carlos Cordone, Federico Domínguez, Fabián Fernández, Cecilio Galeano, Sandro Guzmán, Claudio Husaín, Guillermo Morigi, Sebastián Méndez, Mauricio Pellegrino, Ricardo Rentera, Rubén Rivero, Víctor Hugo Sotomayor, camisetas brooklyn nets José Luis Sánchez Moretti. Resto del Plantel: Omar Asad, Héctor Banegas, Roberto Cantoro, Pablo Cavallero, Carlos Cordone, Federico Domínguez, Cecilio Galeano, Sandro Guzmán, Darío Husaín, Mario Maiorano, Fernando Pandolfi, Mario Santa Cruz. Resto del Plantel: Carlos Compagnucci, Carlos Cordone, Cecilio Galeano, Sandro Guzmán, Claudio Husaín.